A maioria das aplicações que rodam no Unix usa algum tipo de arquivo de configuração que o usuário coloca em seu diretório de trabalho (home) e cujo nome normalmente é .alguma-coisarc. Tanto quanto possível, tentei evitar que isso fosse necessário, pois além de dar mais trabalho ao usuário (e ao administrador da rede ;-) pode dificultar um pouco as coisas. Por exemplo, aqui no CPMet temos o diretório home compartilhado entre um servidor Alpha rodando DEC UNIX com os PCs rodando Linux via NFS (até a maior parte do Linux está instalada no Alpha, os PCs só têm a partição raiz e uma área de swap). Os arquivos podem necessitar algum ajuste dependendo da plataforma e nem todos os programas possuem flexibilidade bastante para isso.
Uma opção que muitos programas também oferecem é especificar em uma variável de ambiente o nome do arquivo de configuração ou o uso de arquivos padrão que normalmente ficam em um diretório /usr/lib/alguma-coisa ou /etc/alguma-coisa.