Para negociar o controle de uma sessão e a transferência de arquivos com um sistema remoto, uucico usa um conjunto de mensagens padronizadas. Isso é freqüentemente referenciado como protocolos de alto nível. Durante a fase de inicialização e de desconexão ocorre o simples envio de expressões entre as pontas da conexão. Durante a fase real de transferência de dados, um protocolo adicional de baixo nível é utilizado praticamente de forma transparente para os níveis mais altos. Isso torna possível a checagem de possíveis erros de transmissão ao se utilizar linhas não confiáveis, por exemplo.