Nem toda a implementação de uucico pode falar e entender cada protocolo, então durante a fase da negociação ambas as pontas devem concordar sobre um protocolo em comum a ser utilizado. O mestre uucico oferece uma lista dos protocolos suportados ao enviar o parâmetro Pprotlist, a partir da qual o escravo pode escolher uma opção.
Baseada no tipo de porta (modem, TCP ou direta), uucico irá compor uma lista de protocolos padrões. Para modems e conexões diretas esta lista normalmente compreende os protocolos i, a, g, G e j. Para conexões TCP, a lista normalmente é igual a t, e, i, a, g, G, j e f. Pode-se substituir esta lista padrão através do comando protocols, o qual pode ser especificado na entrada do sistema assim como na entrada da porta. Por exemplo, pode-se editar o arquivo port na referência à porta de modem para algo similar a:
Isso fará com que qualquer conexão de entrada ou de saída através desta porta, use os protocolos i, g, ou G. Caso o sistema remoto não suporte nenhum deles, a conexão irá falhar.