Como o UUCP é usado sobre diferentes tipos de conexão, como linhas seriais ou TCP ou mesmo X.25, protocolos específicos de baixo nível serão necessários. Adicionalmente diversas implementações do UUCP introduziram diferentes protocolos que a grosso modo fazem a mesma coisa.
Protocolos podem ser divididos em duas categorias: protocolos orientados por pacotes e por fluxo de informações. Estes últimos transferem um arquivo como um todo, um fluxo de dados, possivelmente com um número de verificação ao final. É praticamente livre de qualquer informação adicional de protocolo que incremente o tráfego na linha, porém requer uma conexão confiável, uma vez que erros podem provocar a retransmissão de todo o arquivo. Estes protocolos são comumente usados com conexões TCP, mas não são muito adequados para conexões via linha discada. Ainda que os modems mais modernos façam um bom trabalho de correção de erros, eles não são perfeitos, nem conseguem detectar erros entre o modem e o computador.
Por outro lado, protocolos de pacotes dividem o arquivos em diversos pedaços de mesmo tamanho, enviando e recebendo cada pacote separadamente, gerando um número de verificação e um conhecimento de recebimento que é retornado ao remetente. Para tornar isso mais eficiente, protocolos não lineares foram inventados, os quais permitem o envio de um determinado número de pacotes sem a necessidade de recebimento do conhecimento pelo receptor. Isso reduz enormemente o tempo que o programa uucico tem que esperar durante a transmissão. O volume de tráfego de controle gerado quando comparado a um protocolo por fluxo torna o protocolo por pacotes ineficiente para uso sobre TCP.
O tamanho dos dados também faz muita diferença. Algumas vezes enviar caracteres de 8 bits sobre uma conexão serial pode ser impossível, por exemplo, para uma conexão efetuada por um servidor de terminais burros. Neste caso, os caracteres com o oitavo bit com conteúdo igual a 1 devem ser tratados antes da transmissão, ou seja eles serão divididos em dois bytes, dobrando o volume de dados transmitidos, apesar de alguma eventual compressão por hardware minorar este problema. Linhas que podem transmitir caracteres de oito bits arbitrariamente são denominadas oito bits livres. Este é o caso de todas as conexões TCP, assim como para a maioria das conexões por modem.
Os seguintes protocolos estão disponíveis com o Taylor UUCP 1.04: