LILO é um gerenciador de inicializações que oferece muitas formas de adaptação às necessidades do usuário. As opções mais importantes são descritas a seguir, sendo que a sua configuração é realizada no arquivo /etc/lilo.conf. Para alterá-lo pode ser usado o editor de sua preferência, como gedit, kedit, vi, etc. Antes da edição é sugerida a criação de uma cópia de segurança, denominada, por exemplo, como /etc/lilo.conf.old. Note que as alterações somente terão efeito após a execução do /sbin/lilo.
O arquivo lilo.conf começa por uma seção denominada global seguidas por uma ou mais seções de sistema as quais configuram as opções de inicialização dos diversos sistemas operacionais que podem ser inicializados pelo LILO. Uma nova seção é iniciada pelos parâmetros image= ou other=.
A seguir, apresentamos um exemplo de um arquivo /etc/lilo.conf de uma máquina onde convivem o DOS ou Windows na partição /dev/hda1 e o Linux na partição /dev/hda6.
boot=/dev/hda map=/boot/map install=/boot/boot.b prompt timeout=50 # Linux image=/boot/vmlinuz-2.0.36-13cl label=linux root=/dev/hda6 read-only # Windows other=/dev/hda1 label=dos table=/dev/hda