Todos os arquivos e comandos novos podem estar em /usr/local ou /usr/local/nome_da_máquina. Caso a sua distribuição deixe vazio o diretório /usr/local , então simplesmente crie os diretórios /usr/local/src, /usr/local/bin, etc... e utilize-os. Caso a sua distribuição coloque arquivos em /usr/local, então pode-se criar um diretório com o comando 'mkdir /usr/local/hostname' e atribuir a permissão de grupo +w para ele (eu ainda faço uso de SUID e SGID para garantir que cada membro do grupo w possa somente lidar com arquivos que a eles pertencem, e que assim todos os arquivos criados pertencerão ao grupo w).
Após, adquira o hábito de sempre colocar novos pacotes em /usr/local/src/.from/NOME_DO_PACOTE/ (para arquivos .tar ou qualquer outro) e construa-os em /usr/local/src (ou .../NOME_DA_MÁQUINA/src). Esteja seguro que ele seja instalado sob a hierarquia de diretórios local. Caso ele necessariamente deva ser instalado em /bin ou /usr/bin ou algum outro local, crie uma ligação simbólica da hierarquia local com cada elemento que deva ser colocado em outro local.
A razão para isto - mesmo que dê um pouco mais de trabalho - reside na capacidade de isolar o que deve ser copiado e restaurado ou reinstalado no caso de uma reinstalação completa a partir de uma mídia da distribuição (normalmente um CD). Usando um diretório /usr/local/.from pode-se ainda manter-se um histórico informal da origem dos fontes - o que auxilia na hora de buscar atualizações - o que pode ser crítico ao se monitorar a lista de questões de segurança.
Por exemplo, todos os sistemas que eu configurei no trabalho (quando eu era encarregado da administração do sistema) e que foram administrados por muitos contratados e outras pessoas, e tiveram um grande número de atualizações, mantiveram uma idéia precisa dos elementos que foram adicionados ao sistema após a instalação e configuração iniciais.