A Seção (Construindo um sistema de arquivos raiz) apresenta instruções sobre como construir um sistema de arquivos raiz compactado o qual é carregado em um disco em memória quando o sistema é iniciado. Este método tem diversas vantagens e é o mais comumente utilizado. De qualquer forma, alguns sistemas com pouca memória podem não suportar toda a RAM necessária para isso; e nestes casos o sistema de arquivos raiz é montado diretamente ao invés de ser copiado para um disco em memória.
Tais sistemas de arquivos são na verdade mais simples de serem construídos do que sistemas compactados, uma vez que eles podem ser construídos tanto em disquetes como em qualquer outro dispositivo, e não têm que ser compactados. Apresentaremos os procedimentos necessários e as suas diferenças em relação ao descrito até aqui. Caso seja esta a sua opção, deve-se ter em mente que se terá muito menos espaço disponível.
Caso se esteja construindo um único disco de inicialização e raiz, todos os blocos do kernel mais os do sistema de arquivos raiz devem caber em um disquete.
Há diversos atalhos que podem ser executados. Caso se esteja construindo um conjunto de dois disquetes, pode-se construir o sistema de arquivos raiz diretamente no segundo disquete, não sendo necessário transferi-lo para o disco rígido e após para o disquete novamente. Ainda, caso se esteja construindo um único disquete de raiz e inicialização utilizando-se o LILO, pode-se construir um único sistema de arquivos no disco inteiro, contendo o kernel, arquivos do LILO e do raiz, e simplesmente executar o LILO como o último passo.