Há muitas configurações que podem ser realizadas no Gerenciador de Arquivos GNOME.
Estas configurações podem ser acessadas através do diálogo Preferências do GMC. Pode-se iniciar este diálogo através da seleção do item de menu Preferências a partir do menu Editar.
O diálogo Preferências do GMC é dividido em cinco seções: Apresentação de Arquivos, Confirmação, Visão Personalizada, Otimizações de Cache e
SAV.