FIPS somente funcionará com os BIOS de discos rígidos que usem a interrupção 13h para acesso de baixo nível, o que é verdadeiro para praticamente todos os PCs.
O FIPS somente funcionará em discos com setores de tamanho igual a 512 bytes.
O FIPS não funcionará em discos com FATs de 12 bits, encontrados em pequenos discos antigos.
O FIPS somente dividirá partições DOS, sendo que o setor de inicialização e a tabela de partições devem estar no formato MSDOS 3.0. Ele não funcionará em partições Linux.
O FIPS não funcionará em partições DOS estendidas.
O FIPS não funcionará caso já existam quatro partições, uma vez que ele necessita de uma entrada livre na tabela de partições.
O FIPS não reduz o tamanho original para um tamanho menor que 4085 blocos.