O FIPS foi desenhado para disponibilizar o máximo de segurança. Na inicialização, ele verifica a existência de inconsistências nos arquivos de Tabela de Partições, Setor de Inicialização e FAT. Caso encontre algum erro, o FIPS não prosseguirá. Há a possibilidade da criação de cópias de segurança dos setores raiz e de inicialização em um disquete antes de prosseguir a execução. Caso ocorra algum problema, pode-se restaurar a situação anterior através do programa restorrb.exe. Este procedimento é fortemente recomendado, pois permite o retorno à situação anterior após a divisão da partição. O FIPS verifica ainda a existência de espaço livre na partição e permite a escolha do cilindro de início da nova partição.
Após calcular a nova tabela de partições e o setor de inicialização, o FIPS irá checar tudo novamente, permitindo a eventual detecção de problemas nos novos arquivos. Somente se tudo estiver de acordo, o FIPS solicitará a permissão para gravação dos novos setores raiz e de inicialização.