Estando-se seguro de que a comunicação com o servidor NIS está em perfeitas condições, deve-se decidir quais arquivos de configuração serão substituídos ou incrementados com os mapas NIS. Comumente, utilizam-se os arquivos NIS para funções de pesquisas de máquinas e senhas. O primeiro é especialmente útil caso não se execute o BIND. O último permite que todos os usuários acessem qualquer máquina do domínio utilizando a mesma conta e senha. Isto normalmente exige que o diretório pessoal do usuário esteja localizado de forma central e seja compartilhado por todas as máquinas via NFS. Isso é explicado de forma detalhada na seção a seguir. Outros mapas, como services.byname, não provocam um ganho tão visível, mas economizam a edição de alguns arquivos, caso se tenha instalado qualquer aplicação de rede que use o nome do serviço que não esteja no arquivo padrão services.
Geralmente, é desejável ter-se alguma liberdade de escolha quando uma função de pesquisa deve utilizar arquivos locais e quando deve utilizar o servidor NIS. NYS permite a configuração da ordem em que uma função acessa estes serviços. Isso é controlado através do arquivo /etc/nsswitch.conf, que significa Troca de Serviços de Nomes10.7, o qual obviamente não está limitado somente a serviços de nome. Para qualquer uma das funções de pesquisa suportadas pelo NYS, ele conterá uma linha denominando os serviços a serem utilizados.
A ordem correta dos serviços depende do tipo de dados. Porém não é como se as entradas contidas no mapa services.byname contenham entradas diferentes do arquivo services local, na verdade ele somente contém mais dados. Então uma boa opção pode residir em selecionar os arquivos locais inicialmente e checar os mapas NIS somente se o nome do serviço não for encontrado. As informações de nomes de máquinas, por outro lado, podem mudar freqüentemente; por outro lado DNS ou o servidor NIS devem ter sempre as informações mais atualizadas, enquanto o arquivo local hosts é mantido somente como uma cópia de segurança caso DNS e NIS falhem. Neste caso, os arquivos locais devem ser checados por último.
O exemplo abaixo mostra como configurar as funções gethostbyname(2), gethostbyaddr(2) e getservbyname(2) conforme descrito acima. Elas tentarão os serviços listados na ordem apresentada, onde caso uma pesquisa seja bem sucedida, o resultado será informado, caso contrário o próximo serviço será testado.
A lista completa de serviços pode ser definida como uma entrada no arquivo nsswitch.conf mostrado. Os mapas correntes, arquivos, servidores e objetos podem ser pesquisados dependendo do nome da entrada.
Atualmente, NYS suporta as seguintes entradas no arquivo nsswitch.conf: hosts, networks, passwd, group, shadow, gshadow, services, protocols, rpc e ethers. Outras entradas similares podem ser adicionadas.
A figura apresenta um exemplo completo, apresentando um exemplo mais complexo, que introduz uma outra funcionalidade no arquivo nsswitch.conf: o parâmetro [NOTFOUND=return] no parâmetro hosts informa ao NYS para retornar caso o item desejado não seja encontrado na base de dados do NIS ou DNS. Ou seja, NYS irá continuar a pesquisa nos arquivos locais somente se o acionamento do NIS ou do servidor DNS falhar por algum motivo. Neste caso os arquivos locais podem ser usados em tempo de inicialização e como uma cópia de segurança quando o servidor NIS estiver inativo.