Nếu bạn có hệ điều hành khác đã có, v.d. DOS, Windows hay Mac OSX, và bạn muốn giữ lại hệ điều hành đó trong khi cài đặt Debian, bạn có thể cần phải thay đổi kích cỡ của phân vùng chứa nó để giải phóng thêm chỗ trống trên đĩa cho bản cài đặt Debian. Trình cài đặt hỗ trợ khả năng thay đổi kích cỡ của hệ thống tập tin kiểu cả hai FAT và NTFS; khi bạn tới bước phân vùng của tiến trình cài đặt, hãy bật tùy chọn Bằng tay, rồi đơn giản chọn một phân vùng tồn tại và thay đổi kích cỡ của nó.

BIOS của máy PC thường thêm ràng buộc nữa vào công việc tạo phân vùng đĩa. Trên đĩa, số phân vùng kiểu “chính” và “hợp lý” bị hạn chế. Hơn nữa, đối với BIOS gốc ở trước năm 1994–98, có thể khởi động BIOS đó từ chỉ một số nơi riêng trên đĩa. Thông tin thêm nằm trong tài liệu phân vùng Linux Thế Nào Linux Partition HOWTO và tài liệu Hỏi Đáp Phoenix BIOS FAQ, nhưng tiết đoạn này chứa một toàn cảnh ngắn để giúp đỡ bạn đặt kế hoạch phần lớn trường hợp.

Phân vùng “chính” (primary) là lược đồ phân vùng gốc cho đĩa kiểu PC. Tuy nhiên, có thể tạo chỉ bốn phân vùng chính. Để vượt qua sự hạn chế này, phân vùng kiểu “đã mở rộng” (extended) và “hợp lý” (logical) đã được phát minh. Bằng cách đặt một của những phân vùng chính là phân vùng đã mở rộng, bạn có khả năng chia nhỏ toàn bộ sức chứa được cấp phát cho phân vùng đó ra nhiều phân vùng hợp lý. Bạn có thể tạo đến 60 phân vùng hợp lý trong mỗi phân vùng đã mở rộng; nhưng mà, mỗi đĩa có thể chứa chỉ một phân vùng đã mở rộng thôi.

Linux hạn chế số phân vùng trên mỗi đĩa thành 15 phân vùng trên đĩa kiểu SCSI (3 phân vùng chính có thể dùng, 12 phân vùng hợp lý) và 63 phân vùng trên đĩa IDE (3 phân vùng chính có thể dùng, 60 phân vùng hợp lý). Tuy nhiên, hệ thống Debian GNU/Linux chuẩn cung cấp chỉ 20 thiết bị cho phân vùng, vì vậy bạn không thể cài đặt trên hơn 20 phân vùng nếu bạn chưa tự tạo một thiết bị dành cho mỗi phân vùng đó.

Trên một đĩa IDE lớn, nếu bạn không sử dụng khả năng đặt địa chỉ LBA (LBA addressing), cũng không sử dụng trình điều khiển phủ (overlay drivers, đôi khi được cung cấp bởi hãng chế tạo đĩa cứng), bạn cần phải để phân vùng khởi động (phân vùng chứa ảnh hạt nhân) trong 1024 hình trụ đầu của đĩa cứng đó (thường là vùng khoảng 524 MB, không có khả năng dịch BIOS).

Sự hạn chế này không có tác động nếu máy tính có BIOS mới hơn năm 1995–98 (phụ thuộc vào hãng chế tạo) hỗ trợ “Đặc Tả Hỗ Trợ Ổ Đĩa Tăng Cường”. Cả LILO (bộ tải Linux) lẫn trình xen kẽ của Debian mbr phải sử dụng BIOS để đọc hạt nhân từ đĩa vào bộ nhớ RAM. Nếu nó phát hiện các phần mở rộng truy cập đĩa lớn kiểu BIOS int 0x13, nó sẽ sử dụng chúng. Nếu không thì giao diện truy cập đĩa thừa tự được dùng như là khả năng dự trữ; nó cũng không thể được dùng để định vị trí nào trên đĩa nằm cao hơn hình trụ thứ 1023. Một khi khởi động Linux, kiểu BIOS nào không có tác động và những sự hạn chế này không còn có tác động lại, vì Linux không sử dụng BIOS để truy cập đĩa.

Trên đĩa lớn, bạn có thể cần phải sử dụng kỹ xảo dịch hình trụ, mà bạn có thể đặt trong chương trình thiết lập BIOS, như LBA (Logical Block Addressing: định vị khối hợp lý) hay chế độ dịch CHS (“Lớn”). Thông tin thêm về vấn đề đối với đĩa lớn nằm trong tài liệu đĩa lớn Thế Nào Large Disk HOWTO. Nếu bạn sử dụng lược đồ dịch hình trụ mà BIOS không hỗ trợ các phần mở rộng truy cập đĩa lớn, phân vùng khởi động phải nằm trong vùng đại diện đã dịch của hình trụ thứ 1024.

Phương pháp khuyến khích để đạt cấu hình này là tạo một phân vùng nhỏ (25–50 MB nên là đủ) tại đầu của đĩa, để được dùng là phân vùng khởi động, rồi tạo các phân vùng khác được muốn trong vùng còn lại. Phân vùng khởi động này cần phải được gắn kết vào /boot, vì đó là thư mục nơi (các) hạt nhân Linux sẽ được cất giữ. Cấu hình này sẽ hoạt động được trên mọi hệ thống, bất chấp dùng LBA hay khả năng dịch CHS đĩa lớn, và bất chấp BIOS hỗ trợ các phần mở rộng truy cấp đĩa lớn.