Il concetto più importante da apprendere è il sistema di pacchetti Debian. Essenzialmente le principali parti del proprio sistema si devono considerare sotto il controllo del sistema di pacchetti. Queste includono:

Per esempio, se si sostituisce /usr/bin/perl con un altro funzionante, e poi si aggiorna il pacchetto perl, il file che si è cambiato viene sovrascritto. Gli esperti aggirano questo problema bloccando («hold») i pacchetti tramite aptitude.

Uno dei migliori metodi di installazione è apt. Si può usare la versione a riga di comando apt-get o la versione testuale a tutto schermo aptitude. Si noti che apt permette anche di unire main, contrib e non-free in modo da avere sia la versione con limitazioni a causa dell'esportazione che la versione normale dei pacchetti.

Le versioni alternative delle applicazioni sono gestite da update-alternatives. Se si gestiscono più versioni delle applicazioni si consulti la pagina man di update-alternatives.

Qualsiasi job sotto la supervisione dell'amministrazione di sistema dovrebbe essere all'interno di /etc dato che sono dei file di configurazione. Se si ha un job di cron da eseguire quotidianamente, settimanalmente o mensilmente lo si deve inserire in /etc/cron.{daily,weekly,monthly}, poi gli script in queste directory sono richiamati da /etc/crontab ed eseguiti in ordine alfabetico in modo da serializzarli.

Invece se si ha un job di cron che (a) deve essere eseguito da un utente speciale oppure (b) deve essere eseguito a orari o con una frequenza particolari si può usare /etc/crontab oppure (consigliato) /etc/cron.d/whatever. Questi particolari file hanno anche una un campo aggiuntivo che permette di stabilire l'account utente con cui viene eseguito il job di cron.

In entrambi i casi si deve semplicemente modificare i file e cron si accorgerà automaticamente dei cambiamenti, non c'è bisogno di eseguire un comando speciale. Per maggiori informazioni si consulti cron(8), crontab(5) e /usr/share/doc/cron/README.Debian.