Debianin paketointijärjestelmä on tärkein käsitteistä jotka olisi ymmärrettävä. Lyhyesti sanottuna, järjestelmässä on suuria osia joiden hallinnoinnista vastaa paketointijärjestelmä. Näitä osia ovat:

Jos esimerkiksi tiedosto /usr/bin/perl korvataan, se onnistuu mutta päivitettäessä paketti perl korvatun tiedoston päälle kirjoitetaan. Asiantuntevat käyttäjä voivat kiertää tämän pulman ”jäädyttämällä” paketin komennolla aptitude.

Eräs parhaista asennustavoista apt. Käytettävissä on komentoriviltä toimiva apt-get tai kokoruudun tekstitilassa toimiva aptitude. Huomaa, että apt sallii pää-, contrib- ja epävapaa-jakeluiden yhdistämisen, jolloin vientirajoitusten piirissä olevat paketitkin ovat saatavilla.

Usein on samaan tarkoitukseen useita sovelluksia. Komennon update-alternatives avulla voidaan valita oma mielisovellus käyttöön jos tarjolla on useita. Kannattaa lukea man-sivu komennolle update-alteranatives.

Kaikkien järjestelmän ylläpitäjän tehtäviin liittyvien tiedostojen tulisi sijaita hakemistossa /etc koska siellä on asetustiedostoja. Pääkäyttäjän ajastetut tehtävät päivittäin, viikoittain tai kuukausittain suoritettaviksi olisi tallennettava hakemistoihin /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Ne käynnistetään tiedostosta /etc/crontab, ja suoritetaan aakkosjärjestyksessä yksi kerrallaan.

Toisaalta, jos ajastettu tehtävä on (a) suoritettava tietyn käyttäjän oikeuksilla tai (b) suoritettava tiettyyn aikaan tai toistettava määrävälein, käytetään joko tiedostoa /etc/crontab tai mieluummin /etc/cron.d/jotain. Näissä nimenomaisissa tiedostoissa on myös lisäkenttä, joka määrää minkä käyttäjän oikeuksilla ajastettu tehtävä suoritetaan.

Kummakssakin tapauksessa muokataan tiedostoja ja cron havaitsee muutoksen automaattisesti. Erikoiskomentoja ei tarvitse käynnistää. Lisätietoa löytyy man-sivuilta cron(8), crontab(5) ja tiedostosta /usr/share/doc/cron/README.Debian.