Käynnissä olevaa Linux-järjestelmää ei saa sammuttaa tietokoneen edessä tai takana olevasta reset-nappulasta tai virtakytkimestä. Linux olisi ajettava alas siististi, muuten tiedostoja voi kadota ja/tai tulla levyvirheitä. Jos käytössä on työpöytäympäristö, on sovellusvalikossa tavallisesti tarjolla kohta ”kirjaudu ulos” josta järjestelmä voidaan sammuttaa (tai käynnistää uudelleen).

Toinen tapa on näppäillä Ctrl+Alt+Del . Viimeinen tapa on kirjautua sisään pääkäyttäjänä ja komentaa poweroff, halt or shutdown -h now jos kumpikaan näppäinyhdistelmistä ei toimi tai jos mieluummin kirjoittaa komentoja; uudelleenkäynnistys tehdään komennolla reboot.