Eu não sei se muita gente tem esse problema, mas há uma funcionalidade da versão 3.70 do GNU make que eu não gosto. É que o VPATH age estranhamente caso se informe um caminho de nome absoluto. Há uma atualização muito robusta que conserta isso em Paul D. Smith 
psmith@wellfleet.com
. Ele também envia mensagens e documentação após cada revisão do GNU make em "gnu.utils.bug". Geralmente, eu aplico as atualizações e compilo gmake em todos os sistemas nos quais trabalho.