Existem dois modos de transferência de arquivos: binary e ASCII, sendo este utilizado para textos. Deve-se tomar cuidado ao transferir um arquivo, pois o modo de transfêrencia ASCII remove o oitavo bit de cada caracter transmitido, o que terá como conseqüência a perda de todos os caracteres acentuados. Desta forma é aconselhado o envio de documentação em modo binary de forma a manter a integridade da mesma.
Cuidado! Algumas versões mais antigas do pacote net-tools do Linux têm um cliente FTP que não reconhece corretamente quando o servidor remoto roda Unix. Deste modo ele não comutará o modo de transferência para binário automaticamente. Além disso, alguns servidores FTP também não fornecem a informação corretamente. Certifique-se de digitar o comando bin antes de um get quando quiser que a transferência seja binária!