O comando quotacheck é usado para verificar a utilização de disco em um sistema de arquivos, além de atualizar os arquivos de quota "quota.user". Eu recomendo a execução do comando quotacheck na inicialização do sistema ou via cronjob periodicamente (digamos, toda semana?).
O comando repquota produz informações sintetizadas para um sistema de arquivos. Eis um exemplo de saída do comando repquota:
# repquota -a
Block limits File limits
User used soft hard grace used soft hard grace
root -- 175419 0 0 14679 0 0
bin -- 18000 0 0 735 0 0
uucp -- 729 0 0 23 0 0
man -- 57 0 0 10 0 0
user1 -- 13046 15360 19200 806 1500 2250
user2 -- 2838 5120 6400 377 1000 1500
O comando Quotaon é utilizado para iniciar a contabilização de quota; quotaoff para finalizá-la. Atualmente, ambos são similares. Eles são executados na inicialização do sistema e no seu processo de finalização (shutdown).