É importante começar a construção do kernel com a árvore de fontes bem conhecida. Para tanto pode-se utilizar o comando make mrproper, o qual removerá todos os arquivos de configuração de reconstruções anteriores que estejam residentes nas árvores de diretórios. Após é necessário criar o arquivo de configuração que irá determinar quais componentes serão incluídos no kernel. Dependendo do hardware e das preferências pessoais, pode-se optar por um dos três métodos disponíveis:
Nota: para poder utilizar módulos do kernel é obrigatório responder Y (sim) ao suporte a módulos e versão modular durante a configuração do sistema.
Se desejar construir um kernel com um arquivo de configuração (/usr/src/linux/.config) previamente criado com um dos métodos acima, pode-se omitir o comando mrproper e make config, utilizando somente o comando make dep, seguido de make clean para preparar os fontes para a reconstrução do kernel.
Uma outra forma de configurar o kernel consiste em acionar o utilitário control-panel e selecionar a configuração do kernel.