O GNOME inclui um gerenciador de arquivos que permite a manipulação de arquivos no sistema em um ambiente confortável, poderoso e gráfico. Este Gerenciador é conhecido como GMC ou GNU Comandante da Meia-Noite. O GMC é baseado no Gerenciador de Arquivos Comandante da Meia-Noite o qual pode ser executado em um terminal. O Comandante da Meia-Noite é muito conhecido por seu poder e facilidade de uso. O GMC baseou-se nestas características associadas à interface gráfica do GNOME. Conforme mencionado nas seções anteriores, o Gerenciador de Arquivos GNOME provê as funcionalidades de Área de Trabalho para o GNOME. O Gerenciador disponibilza ainda um local para manipulação de arquivos no sistema local através do uso de suas janelas.
Há duas janelas principais no Gerenciador de Arquivos GNOME. À esquerda existe uma árvore que representa toda a hierarquia de diretórios do sistema e à direita é a janela de diretórios que apresentará o conteúdo do diretório selecionado na janela esquerda. Para selecionar um diretório em uma visão de árvore basta clicar uma vez sobre o diretório desejado. Esta ação provocará a mudança de visão do diretório principal para o diretório escolhido, mostrando o conteúdo deste último. Caso existam subdiretórios contidos no diretório escolhido, pode-se clicar sobre o sinal de adição na árvore de diretórios para que o seu conteúdo seja também apresentado.
A janela principal dos arquivos tem algumas opções que podem ser desejáveis para o usuário: visão de ícones e visão detalhada. A visão de ícones é a padrão, a qual apresenta ícones grandes para cada arquivo. A visão curta mostra os arquivos e diretórios em uma lista, porém sem quaisquer informações extras. A visão detalhada apresenta uma lista dos arquivos do diretório selecionado e uma série de informações adicionais sobre estes arquivos, tais como tamanho e data do último acesso. A visão personalizada permite que o usuário selecione as informações que devem ser apresentadas. Nas visões curta, detalhada e personalizada, caso se clique sobre um dos títulos das colunas de informações adicionais, ordenam os arquivos de acordo com aquelas informações. Por exemplo, querendo-se encontrar os maiores arquivos em um diretório, pode-se clicar sobre o nome da coluna de tamanho e os arquivos serão ordenados em ordem decrescente de tamanho. Um clique adicional sobre o nome da coluna irá mudar a ordem, passando agora a ser crescente.