O LILO está sujeito a algumas limitações impostas pelo BIOS. Especificamente, a maioria dos BIOS não pode acessar mais de dois discos rígidos e eles não podem acessar qualquer dado armazenado além de cilindro 1023 (o 1024cilindro) de qualquer dispositivo. Note que alguns BIOS novos não têm estas limitações, mas isto não é universal.
Todos os dados que o LILO necessita acessar em tempo de inicialização (incluindo o kernel do Linux) estão localizados no diretório /boot. Caso tenham sido seguidas as diretrizes aqui descritas ou foi executada uma instalação utilizando as classes Estação de Trabalho ou Servidor, o diretório /boot será instalado em uma pequena partição separada. Caso contrário, o diretório fará parte da partição raiz (conhecida como /). Em ambos os casos, a partição onde o /boot residir deve seguir as seguintes indicações, caso se estiver usando o LILO para inicializar seu sistema Conectiva Linux:
É possível que alguns BIOS permitam ao LILO trabalhar com configurações que não se encaixem nestas diretrizes. Assim mesmo, algumas características do LILO podem ser usadas para inicializar um sistema Linux, mesmo que a configuração não esteja de acordo com estas instruções. Porém, devido à multiplicidade de opções e variáveis, estas opções não são suportadas.
Nota: o programa Disk Druid assim como as classes de instalação Estação de Trabalho e Servidor levam em conta estas limitações. De qualquer forma caso se decida utilizar o fdisk, é de responsabilidade do usuário garantir que essas limitações estão sendo levadas em conta.