Depende da aplicação futura da máquina. Diretórios que geralmente são montados em partições exclusivas são:
swap memória virtual
/ raiz do sistema
/boot arquivos de inicialização
/home área dos usuários
/usr binários dos programas
/var arquivos de registro (log) e caixas postais
Sendo /home, /usr e /var em partições separadas úteis mais para servidores de grande porte, e não para máquinas caseiras.
Com relação ao tamanho dessas partições:
swap geralmente tem o dobro de tamanho da RAM / é o resto do sistema que não está em outras partições /boot os arquivos aqui são poucos e pequenos, 5Mb bastam /home depende da quantidade de usuários da máquina /usr depende da quantidade de pacotes a serem instalados /var depende dos serviços que rodarão na máquina